Gıda işletmelerinde kaliteli ve güvenli bir ürün elde edilmesi, iyi bir teknolojinin yanı sıra işlemeye uygun temizlik ve dezenfeksiyon planının etkin olarak uygulanmasıyla gerçekleşmektedir. Temizlik ve dezenfeksiyon uygulamaları işletmelerde birbirine bağımlı işlemlerdir.
Üretim sonrası yapılan temizlik uygulaması ile birlikte mikroorganizmalar kontaminasyon kaynaklarından yıkanıp uzaklaştırılmakta ve ancak bir kısmı öldürülebilmektedir. Kalan mikroorganizmalar hızla çoğalarak bir sonraki üretimde olumsuz etkiler ortaya çıkarmaktadır. Bunun için işletmelerde uygun bir temizlik uygulamasından sonra etkin bir dezenfeksiyon uygulaması mutlaka yapılmalıdır.
Dezenfeksiyon, ürüne kontaminasyon kaynağı olabilecek mikroorganizmaların tümünün öldürülmesi ya da zararlı etki yapmayacak en düşük düzeye indirilmesi işlemidir. Dezenfeksiyon uygulamalarının başarılı olması temizlik uygulamasının doğru ve etkin yapılması şartına bağlıdır.
Dezenfektanlar toksik maddelerdir ve mikroorganizmaları inaktive etmek yada yok etmek üzere kullanılırlar. Herhangi bir dezenfektanı kullanmadan önce onun hangi mikroorganizma cinsi üzerine etkili olduğu konusunda bilgi sahibi olmamız uygulamanın başarısı için önem taşır. Bu mikroorganizmalar; virüsler, bakteriler, bakteri sporları ve mantarlar olmak üzere kategorize edilmeli ve dezenfektan maddenin bunlara karşı bakterisid veya bakteriyostatik aktiviteleri bilinmelidir.
Dezenfeksiyon işlemi ısı ,radyasyon ve kimyasal maddelerle olmak üzere başlıca üç şekilde uygulanır. Isıyla dezenfeksiyon; buhar ve sıcak sudur.Buharla dezenfeksiyon yüksek enerji gerektirdiğinden pahalı bir yöntemdir. Radyasyonla dezenfeksiyon; ultraviyole,yüksek enerjili katot veya gama ışınları formundaki radyasyon mikroorganizmaları yok eder. Fakat bu metot, kullanımı çok özen ve dikkat gerektirdiği için gıda işletmeleri için pek uygun değildir. Kimyasal dezenfeksiyon; ısıl işlemin kullanılamadığı durumlarda özellikle elle temizleme ile bazı ekipmanlara uygulanan yerinde temizlik uygulamasından sonra başvurulur. Dezenfektanlar yapılarına bağlı olarak farklı konsantrasyon ve sürelerde etkilerini gösterirler.
Dezenfektanların temel içeriklerine göre farklı çeşitleri bulunmaktadır. Bunlardan bir kısmı cihazlar, aletler ve yüzeyler için olmakla beraber bir kısmı da insan veya hayvan cildine uygulanan nispeten daha az toksik ve canlılar için zararlı etkileri az olan dezenfektanlar olmalıdır. Bu dezenfektanların basit olarak sınıflandırılması şu şekilde yapılabilir: alkaliler (hidroksitler); biguanidler (klorhekzidin); katyonik surfektanlar (kuaterner amonyum bileşikleri) ;halojenler ve halojen içerikliler ( klor bazlı, iyot bazlı); oksitleyici ajanlar ( peroksitler, peroksijen komponentleri); fenoller ( fenol tuzları ve bileşikleri, sentetik fenoller); redükleyici ajanlar (aldehitler).
Dezenfektanlar doğal olarak mikroorganizmaların tümüne etkili değildirler. Bazılarına duyarlı bazılarına ise dirençli olabilirler. Bir dezenfektanın etkili olabildiği şu kriterlerden anlaşılır: aktivesini koruduğu geniş bir etki spektrumunun olması, temas süresince canlı hücrelerin redüksiyonunun belirlenebilir olması, geniş bir pH ve ısı aralığında etkili olabilmesi, organik artıkların varlığında dahi etkinliğini göstermesidir.
Ancak temizlik ve dezenfeksiyon uygulamasının etkinliği için sadece bahsetmiş olduğumuz bu kavramlar yeterli değildir. Aynı zamanda işletmeler için; işlenecek ham maddeler olabildiğince az mikroorganizma içermelidir, hammadde ve işlenmiş gıdalar ayrı depolanmalıdır, işletmenin ortam havası temiz, nem ve sıcaklığı kontrollü olmalıdır, işletme suyu en az içme suyu kalitesinde olmalıdır, personelin hijyeni bir yaşam biçimi olarak benimsemesinin sağlanması ve personel tarafından işletmeye taşınacak mikroorganizmaların en aza indirilmesi için gerekli ekipman ve kontrolün sağlanması gerekmektedir. İşletmelerin; temiz ve yeterli suyu, kanalizasyon bağlantısı olan temiz bir çevrede kurulmalısı ön koşuldur.